1 材料与方法
1.1 材料
1.2 方法
1.3 数据分析
2 结果与分析
2.1 扩增产物多态性
表1 供试咖啡种质资源Tab. 1 Coffee germplasm resources used in this study |
| 编号No. | 种质名称Germplasms name | 物种 Genus | 产地 Origin | 编号No. | 种质名称 Germplasms name | 物种 Genus | 产地 Origin |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 大粒种(印度) | C. liberica Bull | 印度 | 45 | T5175 | C. arabica Linné | 哥斯达黎加 |
| 2 | 杂交种 | C. arabica Linné | 中国云南德宏 | 46 | 厄瓜多尔 | C. arabica Linné | 厄瓜多尔 |
| 3 | 老品种 | C. arabica Linné | 中国云南弄贤寨 | 47 | 墨西哥 | C. arabica Linné | 墨西哥 |
| 4 | MEXICO 11 | C. arabica Linné | 墨西哥 | 48 | 津巴布韦 | C. arabica Linné | 津巴布韦 |
| 5 | COLOMBIA | C. arabica Linné | 哥伦比亚 | 49 | 坦桑尼亚 | C. arabica Linné | 坦桑尼亚 |
| 6 | DTARI028 | C. arabica Linné | 葡萄牙 | 50 | 肯尼亚-1 | C. arabica Linné | 肯尼亚 |
| 7 | 德热48-1 | C. arabica Linné | 中国云南德宏 | 51 | 肯尼亚-2 | C. arabica Linné | 肯尼亚 |
| 8 | 德热293 | C. arabica Linné | 中国云南德宏 | 52 | 肯尼亚-3 | C. arabica Linné | 肯尼亚 |
| 9 | 德热132 | C. arabica Linné | 中国云南德宏 | 53 | 肯尼亚-4 | C. arabica Linné | 肯尼亚 |
| 10 | 德热199-1 | C. arabica Linné | 中国云南德宏 | 54 | 澳大利亚-1 | C. arabica Linné | 澳大利亚 |
| 11 | 德热161 | C. arabica Linné | 中国云南德宏 | 55 | 澳大利亚-2 | C. arabica Linné | 澳大利亚 |
| 12 | 德热296 | C. arabica Linné | 中国云南德宏 | 56 | 哥斯达黎加-1 | C. arabica Linné | 哥斯达黎加 |
| 13 | BIUE MOUNTAIN (变异株) | C. arabica Linné | 肯尼亚 | 57 | 哥斯达黎加-2 | C. arabica Linné | 哥斯达黎加 |
| 14 | 缅甸卡蒂姆 | C. arabica Linné | 缅甸 | 58 | 哥斯达黎加-3 | C. arabica Linné | 哥斯达黎加 |
| 15 | CCCA21 | C. arabica Linné | 法国 | 59 | 哥斯达黎加-4 | C. arabica Linné | 哥斯达黎加 |
| 16 | 卡蒂姆 CIFC7963 | C. arabica Linné | 葡萄牙 | 60 | 巴西-2 | C. arabica Linné | 巴西 |
| 17 | 矮种卡蒂姆 | C. arabica Linné | 葡萄牙 | 61 | 巴西-3 | C. arabica Linné | 巴西 |
| 18 | CATIMOR P86 | C. arabica Linné | 肯尼亚 | 62 | 巴西-4 | C. arabica Linné | 巴西 |
| 19 | CATIMOR P88 | C. arabica Linné | 肯尼亚 | 63 | 小粒种 | C. arabica Linné | 中国云南普洱 |
| 20 | CATMOR P90 | C. arabica Linné | 肯尼亚 | 64 | CCCA25 | C. arabica Linné | 法国 |
| 21 | CATIMOR P127 | C. arabica Linné | 肯尼亚 | 65 | CCCA24 | C. arabica Linné | 法国 |
| 22 | CATMOR P128 | C. arabica Linné | 肯尼亚 | 66 | T8667 | C. arabica Linné | 哥斯达黎加 |
| 23 | CATMOR P129 | C. arabica Linné | 肯尼亚 | 67 | P7963 | C. arabica Linné | 中国云南德宏 |
| 24 | CATIMOR P134 | C. arabica Linné | 肯尼亚 | 68 | NY002 | C. arabica Linné | 不详 |
| 25 | CATIMOR P130 | C. arabica Linné | 肯尼亚 | 69 | CB52 | C. arabica Linné | 哥斯达黎加 |
| 26 | RUME SUDAN | C. arabica Linné | 肯尼亚 | 70 | P2 | C. arabica Linné | 葡萄牙 |
| 27 | HIBRIDO DE TIMOR(HDT) | C. arabica Linné | 肯尼亚 | 71 | 铁毕卡 | C. arabica Linné | 哥伦比亚 |
| 28 | SL28 | C. arabica Linné | 肯尼亚 | 72 | 波邦 | C. arabica Linné | 哥伦比亚 |
| 29 | SL34 | C. arabica Linné | 肯尼亚 | 73 | 卡帝莫 | C. arabica Linné | 葡萄牙 |
| 30 | 萨尔瓦多-1 | C. arabica Linné | 萨尔瓦多 | 74 | 巴西1 | C. arabica Linné | 巴西 |
| 31 | 危地马拉 | C. arabica Linné | 危地马拉 | 75 | 矮卡2 | C. arabica Linné | 中国云南保山 |
| 32 | RUIRU 11 | C. arabica Linné | 肯尼亚 | 76 | 蓝山1号 | C. arabica Linné | 牙买加 |
| 33 | MA 2Ⅱ | C. arabica Linné | 马来西亚 | 77 | 蓝山2号 | C. arabica Linné | 牙买加 |
| 34 | 夏威夷-1(小叶) | C. arabica Linné | 夏威夷 | 78 | S795 | C. arabica Linné | 印度尼西亚 |
| 35 | 夏威夷-1(大叶) | C. arabica Linné | 夏威夷 | 79 | 紫叶种-2 | C. arabica Linné | 中国云南保山 |
| 36 | 夏威夷-2 | C. arabica Linné | 夏威夷 | 80 | 紫叶种-1 | C. arabica Linné | 中国云南 西双版纳 |
| 37 | Pt | C. arabica Linné | 葡萄牙 | 81 | 卡杜拉-1 | C. arabica Linné | 中国云南保山 |
| 38 | CATIMOR P1 | C. arabica Linné | 葡萄牙 | 82 | 巴西矮卡 | C. arabica Linné | 巴西 |
| 39 | CATIMOR P3 | C. arabica Linné | 葡萄牙 | 83 | 墨西哥5号 | C. arabica Linné | 墨西哥 |
| 40 | CATIMOR P4 | C. arabica Linné | 葡萄牙 | 84 | 墨西哥13号 | C. arabica Linné | 墨西哥 |
| 41 | P5 | C. arabica Linné | 葡萄牙 | 85 | 中粒种 | C. canephora Pierre | 中国云南保山 |
| 42 | BIUE MOUNTAIN | C. arabica Linné | 肯尼亚 | 86 | 大粒种-1 | C. liberica Bull ex | 中国云南西双版纳勐伦 |
| 43 | PURPURASCEMS | C. arabica Linné | 肯尼亚 | 87 | 大粒种-2 | C. liberica Bull ex | 中国云南保山 |
| 44 | 哥伦比亚 | C. arabica Linné | 哥伦比亚 |
表2 ISSR引物及其序列Tab. 2 The sequence of ISSR primers |
| 引物编号 Primer code | 引物序列 Primer sequence | 总带数 Number of amplified bands | 多态性带数 Number of polymorphic bands | 多态性比率 Percentage of polymorphic bands/% |
|---|---|---|---|---|
| UBC807 | AGAGAGAGAGAGAGAGT | 10 | 7 | 70.0 |
| UBC811 | GAGAGAGAGAGAGAGAC | 7 | 6 | 85.7 |
| UBC812 | GAGAGAGAGAGAGAGAA | 8 | 8 | 100.0 |
| UBC827 | ACACACACACACACACG | 8 | 6 | 75.0 |
| UBC835 | AGAGAGAGAGAGAGAGYC | 5 | 3 | 60.0 |
| UBC840 | GAGAGAGAGAGAGAGAYT | 4 | 2 | 50.0 |
| UBC864 | ATGATGATGATGATGATG | 7 | 5 | 71.4 |
| UBC867 | GGCGGCGGCGGCGGCGGC | 5 | 3 | 60.0 |
| UBC868 | GAAGAAGAAGAAGAAGAA | 3 | 1 | 33.4 |
| UBC879 | CTTCACTTCACTTCA | 3 | 3 | 100.0 |
| UBC817 | CACACACACACACACAA | 10 | 9 | 90.0 |
| UBC818 | CACACACACACACACAG | 9 | 8 | 88.8 |
| UBC834 | AGAGAGAGAGAGAGAGYT | 10 | 5 | 50.0 |
| UBC841 | GAGAGAGAGAGAGAGAYC | 7 | 2 | 28.5 |
| UBC842 | GAGAGAGAGAGAGAGAYG | 7 | 6 | 85.7 |
| UBC843 | CTCTCTCTCTCTCTCTRA | 8 | 8 | 100.0 |
| UBC854 | TCTCTCTCTCTCTCTCRG | 8 | 6 | 75.0 |
| UBC845 | CTCTCTCTCTCTCTCTRG | 8 | 7 | 87.5 |
| UBC900 | ACTTCCCCACAGGTTAACACA | 13 | 11 | 84.6 |
| 总计 | 140 | 107 | 76.4 |
2.2 遗传相似系数
表3 种质资源内个体间遗传相似系数Tab. 3 The genetic similarity cofficient among individuals |
| 种质编号No. | 最小遗传 系数系数 Min coefficients | 最大遗传相似系数 Max coefficients | 平均遗传相似系数 Average coefficients | 种质编号No. | 最小遗传 系数系数 Min coefficients | 最大遗传相似系数 Max coefficient | 平均遗传相似系数 Average coefficients | 种质编号No. | 最小遗传 系数系数 Min coefficients | 最大遗传 相似系数 Max coefficient | 平均遗传相似系数 Average coefficients |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 0.449 | 0.645 | 0.547 | 30 | 0.449 | 0.935 | 0.692 | 59 | 0.477 | 0.944 | 0.711 |
| 2 | 0.598 | 0.757 | 0.678 | 31 | 0.430 | 0.888 | 0.659 | 60 | 0.570 | 0.860 | 0.715 |
| 3 | 0.514 | 0.888 | 0.701 | 32 | 0.449 | 0.907 | 0.678 | 61 | 0.589 | 0.860 | 0.725 |
| 4 | 0.477 | 0.935 | 0.706 | 33 | 0.505 | 0.860 | 0.683 | 62 | 0.439 | 0.944 | 0.692 |
| 5 | 0.449 | 0.972 | 0.711 | 34 | 0.449 | 0.981 | 0.715 | 63 | 0.495 | 0.935 | 0.715 |
| 6 | 0.486 | 0.935 | 0.711 | 35 | 0.449 | 0.991 | 0.720 | 64 | 0.505 | 0.953 | 0.729 |
| 7 | 0.495 | 0.860 | 0.678 | 36 | 0.439 | 0.991 | 0.715 | 65 | 0.467 | 0.944 | 0.706 |
| 8 | 0.449 | 0.916 | 0.683 | 37 | 0.495 | 0.935 | 0.715 | 66 | 0.477 | 0.953 | 0.715 |
| 9 | 0.570 | 0.832 | 0.701 | 38 | 0.495 | 0.925 | 0.710 | 67 | 0.458 | 0.897 | 0.678 |
| 10 | 0.486 | 0.860 | 0.673 | 39 | 0.458 | 0.981 | 0.720 | 68 | 0.523 | 0.869 | 0.696 |
| 11 | 0.486 | 0.888 | 0.687 | 40 | 0.439 | 0.963 | 0.701 | 69 | 0.505 | 0.869 | 0.687 |
| 12 | 0.505 | 0.907 | 0.706 | 41 | 0.449 | 0.953 | 0.701 | 70 | 0.430 | 0.897 | 0.664 |
| 13 | 0.486 | 0.935 | 0.711 | 42 | 0.458 | 0.944 | 0.701 | 71 | 0.514 | 0.822 | 0.668 |
| 14 | 0.448 | 0.925 | 0.687 | 43 | 0.486 | 0.944 | 0.715 | 72 | 0.477 | 0.897 | 0.687 |
| 15 | 0.579 | 0.888 | 0.734 | 44 | 0.467 | 0.981 | 0.724 | 73 | 0.542 | 0.860 | 0.701 |
| 16 | 0.477 | 0.944 | 0.711 | 45 | 0.486 | 0.963 | 0.725 | 74 | 0.505 | 0.944 | 0.725 |
| 17 | 0.458 | 0.944 | 0.701 | 46 | 0.467 | 0.916 | 0.692 | 75 | 0.560 | 0.766 | 0.663 |
| 18 | 0.477 | 0.963 | 0.720 | 47 | 0.514 | 0.813 | 0.664 | 76 | 0.542 | 0.850 | 0.696 |
| 19 | 0.514 | 0.860 | 0.687 | 48 | 0.449 | 0.860 | 0.655 | 77 | 0.505 | 0.925 | 0.715 |
| 20 | 0.449 | 0.935 | 0.692 | 49 | 0.430 | 0.963 | 0.697 | 78 | 0.505 | 0.879 | 0.692 |
| 21 | 0.477 | 0.944 | 0.711 | 50 | 0.467 | 0.963 | 0.715 | 79 | 0.533 | 0.916 | 0.725 |
| 22 | 0.505 | 0.935 | 0.720 | 51 | 0.449 | 0.963 | 0.706 | 80 | 0.495 | 0.925 | 0.710 |
| 23 | 0.477 | 0.963 | 0.720 | 52 | 0.467 | 0.935 | 0.701 | 81 | 0.486 | 0.925 | 0.706 |
| 24 | 0.486 | 0.888 | 0.687 | 53 | 0.458 | 0.963 | 0.711 | 82 | 0.533 | 0.925 | 0.729 |
| 25 | 0.439 | 0.925 | 0.682 | 54 | 0.467 | 0.972 | 0.720 | 83 | 0.495 | 0.944 | 0.720 |
| 26 | 0.449 | 0.944 | 0.697 | 55 | 0.514 | 0.935 | 0.725 | 84 | 0.458 | 0.841 | 0.650 |
| 27 | 0.467 | 0.935 | 0.701 | 56 | 0.467 | 0.935 | 0.701 | 85 | 0.682 | 0.449 | 0.566 |
| 28 | 0.467 | 0.963 | 0.715 | 57 | 0.467 | 0.897 | 0.682 | 86 | 0.430 | 0.785 | 0.608 |
| 29 | 0.505 | 0.879 | 0.692 | 58 | 0.486 | 0.944 | 0.715 | 87 | 0.439 | 0.785 | 0.612 |
