从土壤养分和微生物群落结构及多样性角度，研究绿农林^®41复合微生物菌肥改善胡椒连作障碍的机理和效果，为海南胡椒产业化种植提供技术措施。以往年胡椒枯萎病严重发生地块为试验地，分别设置4个处理：清水对照（CK）、绿农林^®41复合微生物菌肥（LNL41）、复合微生物（CM）、菌肥基质（NS），测定根际枯萎病发病率、植株生长和土壤养分；采用16S rDNA测序技术，探究施用LNL41条件下胡椒枯萎病发生及根际土壤细菌群落结构的差异。结果表明：与CK相比，各处理均有一定效果，其中以LNL41处理的效果最为显著。LNL41和CM处理的土壤养分指标均显著高于CK；LNL41、CM和NS处理的叶绿素含量、穗长和千粒质量增幅分别达26.12%~67.87%、6.20%~18.33%和1.48%~6.44%；LNL41处理在不同生长期的发病率达2.67%~15.67%，防效达81.64%~90.06%。根际土壤细菌Ace指数和Chao1指数分别提高了12.82%~20.28%和12.89%~18.78%，Shannon指数提高了1.05%~3.53%，各处理的Simpson指数差异不显著。在目分类水平上，Chitinophagales、Rhizobiales和Burkholderiales是优势细菌目；在属分类水平上，Gaiella、P3OB 42、Lactobacillus、Pseudolabrys和Terrimonas是优势细菌属；各处理共有优势属Bacillus与Candidatus Omnitrophus丰度相似。线性判别分析（LEfSe）结果显示，LNL41处理中存在6个指示菌群；Ellin6067和Tepidisphaera与土壤pH、有机质、速效钾、铵态氮和有效磷呈显著或极显著正相关；网络分析结果进一步表明，LNL41处理能增加土壤细菌共发生网络的复杂性和稳定性；Bugbase功能预测表明，LNL41处理的stress tolerant功能类群丰度增加了5.38个百分点，而CM和NS处理则分别下降了10.43个百分点和7.25个百分点。LNL41能显著改善土壤养分比例，进而改善土壤细菌群落结构和功能特性，激发细菌压力耐受功能，促进胡椒生长，减少枯萎病的发病率。

本研究以爪哇香茅草为试验材料，采用Illumina NovaSeq 6000测序平台对爪哇香茅的DNA序列进行测序。使用GetOrganelle v1.7.7.0软件对测序数据进行组装，构建叶绿体基因组。参照已知的曲序香茅叶绿体基因组，对爪哇香茅草叶绿体基因组进行注释，并进行基因组特征分析和进化树构建。研究结果表明：爪哇香茅叶绿体基因组全长为139 823 bp，其结构为典型的环状四分体，GC含量为38.45%，AT含量为61.55%，包括长度为82 214 bp的1个大单拷贝区（LSC）、长度为21 368 bp的1对反向重复区（IR）和1个14 873 bp的小单拷贝区（SSC）；在爪哇香茅叶绿体基因组中共注释到130个基因（其中包含85个mRNA基因、37个tRNA基因、8个rRNA 基因）；此外，注释到的这些基因中含有16个双拷贝基因，所占比例为12.31%，分别是7个tRNA 基因、4个自我复制基因、4个rRNA基因、2个未知功能蛋白基因、1个NADH脱氢酶亚基基因。在爪哇香茅叶绿体基因组中检测到144个SSR位点，其中单核苷酸重复占绝对优势，以A/T为主；对4个香茅属物种的反向重复序列边界进行比较后发现，曲序香茅、喜马拉雅香茅与爪哇香茅在基因结构和种类上表现出极高的同源性，其中ndhH基因均位于小单拷贝区（SSC），而ndhF基因则均位于SSC与IRb的边界区域，但爪哇香茅在LSC区比曲序香茅（Cymbopogon flexuosus）和喜马拉雅香茅（Cymbopogon pospischilii）多出一个rps3基因；进化树分析表明，爪哇香茅草与喜马拉雅香茅、柠檬草（Cymbopogon citratus MK593547.1）亲缘关系最近。本研究完成了爪哇香茅完整叶绿体基因组组装及注释，解析了爪哇香茅叶绿体基因组特征，初步探明爪哇香茅在香茅属内的系统发育关系地位，为香茅属植物系统发育、遗传多样性和基因组研究，以及重要功能基因的挖掘利用奠定良好基础。