1 材料与方法
1.1 材料
表1 供试红毛丹种质信息Tab. 1 The list of rambutan accessions |
| 序号 No. | 种质 Accessions | 基础信息 Basic information | 保存地 Locality | 序号 No. | 种质 Accessions | 基础信息 Basic information | 保存地 Locality |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | male | 雄树、实生品系 | 保亭热作所 | 35 | R27 | 不详 | 保亭热作所 |
| 2 | BR2 | 黄果、实生品系 | 保亭热作所 | 36 | R28 | 不详 | 保亭热作所 |
| 3 | BR4 | 红果、实生品系 | 保亭热作所 | 37 | R29 | 不详 | 保亭热作所 |
| 4 | BR5 | 红果、实生品系 | 保亭热作所 | 38 | R30 | 不详 | 保亭热作所 |
| 5 | BR6 | 红果、实生品系 | 保亭热作所 | 39 | R31 | 不详 | 保亭热作所 |
| 6 | BR7 | 红果、实生品系 | 保亭热作所 | 40 | R32 | 不详 | 保亭热作所 |
| 7 | ZWY1 | 不详 | 儋州热带植物园 | 41 | R33 | 不详 | 保亭热作所 |
| 8 | ZWY2 | 不详 | 儋州热带植物园 | 42 | R34 | 不详 | 保亭热作所 |
| 9 | R1 | 不详 | 保亭热作所 | 43 | R35 | 不详 | 保亭热作所 |
| 10 | R2 | 不详 | 保亭热作所 | 44 | R36 | 不详 | 保亭热作所 |
| 11 | R3 | 不详 | 保亭热作所 | 45 | R37 | 不详 | 保亭热作所 |
| 12 | R4 | 不详 | 保亭热作所 | 46 | R38 | 不详 | 保亭热作所 |
| 13 | R5 | 不详 | 保亭热作所 | 47 | R39 | 不详 | 保亭热作所 |
| 14 | R6 | 不详 | 保亭热作所 | 48 | R40 | 不详 | 保亭热作所 |
| 15 | R7 | 不详 | 保亭热作所 | 49 | R41 | 不详 | 保亭热作所 |
| 16 | R8 | 不详 | 保亭热作所 | 50 | R42 | 不详 | 保亭热作所 |
| 17 | R9 | 不详 | 保亭热作所 | 51 | R43 | 不详 | 保亭热作所 |
| 18 | R10 | 不详 | 保亭热作所 | 52 | R44 | 不详 | 保亭热作所 |
| 19 | R11 | 不详 | 保亭热作所 | 53 | R45 | 不详 | 保亭热作所 |
| 20 | R12 | 不详 | 保亭热作所 | 54 | R46 | 不详 | 保亭热作所 |
| 21 | R13 | 不详 | 保亭热作所 | 55 | R47 | 不详 | 保亭热作所 |
| 22 | R14 | 不详 | 保亭热作所 | 56 | R48 | 不详 | 保亭热作所 |
| 23 | R15 | 不详 | 保亭热作所 | 57 | R49 | 不详 | 保亭热作所 |
| 24 | R16 | 不详 | 保亭热作所 | 58 | R50 | 不详 | 保亭热作所 |
| 25 | R17 | 不详 | 保亭热作所 | 59 | R51 | 不详 | 保亭热作所 |
| 26 | R18 | 不详 | 保亭热作所 | 60 | R52 | 不详 | 保亭热作所 |
| 27 | R19 | 不详 | 保亭热作所 | 61 | R53 | 不详 | 保亭热作所 |
| 28 | R20 | 不详 | 保亭热作所 | 62 | R54 | 不详 | 保亭热作所 |
| 29 | R21 | 不详 | 保亭热作所 | 63 | R55 | 不详 | 保亭热作所 |
| 30 | R22 | 不详 | 保亭热作所 | 64 | R56 | 不详 | 保亭热作所 |
| 31 | R23 | 不详 | 保亭热作所 | 65 | R57 | 不详 | 保亭热作所 |
| 32 | R24 | 不详 | 保亭热作所 | 66 | R58 | 不详 | 保亭热作所 |
| 33 | R25 | 不详 | 保亭热作所 | 67 | R59 | 不详 | 保亭热作所 |
| 34 | R26 | 不详 | 保亭热作所 | 68 | R60 | 不详 | 保亭热作所 |
1.2 方法
表2 SSR引物信息Tab. 2 SSR primers information |
| 引物名称 Primer name | 引物序列 Primer sequences(5°-3°) | 重复单元 Repeat units | 重复次数 Repeat number | 退火温度 Annealing temperature/℃ | 目标片段大小 Expected length/bp |
|---|---|---|---|---|---|
| RamSSR5 | CATATACAAAAGTTGCTGCGACA/TCCTACGACGAATTAGACAAACC | TCAACG | 4 | 59.552~60.197 | 133 |
| RamSSR8 | ACCAACTCTCAAACTGGAAGACA/AATTCGCAAAAGTGAAAGAGTTTT | AATAAA | 4 | 59.735~60.195 | 160 |
| RamSSR12 | CAAAAGCATCATGAATCAGCATA/ATGTGCCCATGTTCAAAAATAAA | AAAAT | 5 | 60.109~60.453 | 90 |
| RamSSR13 | CCATTAACAAACACAAAATAACTCG/AGAGAAACATTGAGGACAACGTC | ATTTT | 5 | 58.987~59.674 | 141 |
| RamSSR19 | GGGGAAGAGAAAAGGATACAATG/TTCCATGGTTCTACTATTCCACAA | TTTTA | 5 | 59.773~60.186 | 129 |
| RamSSR25 | GATTTCGAGTTTTCTTGGGATTT/AACAAGCAAAGAGAGTTGGTTTG | ATAA | 5 | 59.847~59.848 | 140 |
| RamSSR27 | AGCGTCGACTGGTACTAGAAGTG/AAAAGTTTTTGAGGAAGCCAAAG | AGCA | 4 | 60.013~60.145 | 118 |
| RamSSR30 | TTTTTCATGTCTCATGGTTTCAA/ATTTTGGATGAAGGTATGCTCAA | TGTT | 5 | 59.483~59.857 | 138 |
| RamSSR31 | AAGTTAGTTGTCTCCCCAAGTGA/AATCATCATCATCAATGCTTTCC | CTTT | 8 | 59.199~60.171 | 151 |
| RamSSR33 | CTGGCAATATTCCAACTATCCAT/CAGCTTGGTGTCATCTTTCATAC | CATA | 8 | 58.781~59.263 | 155 |
1.3 数据处理
2 结果与分析
2.1 SSR标记多态性分析
表3 多态性SSR引物扩增结果及多态性信息Tab. 3 Results and polymorphism information of SSR primers |
| 引物 Primer | 片段大小 Size range/bp | Na | Ne | PIC | 引物编号 No. of primers | 可鉴定材料数 No. of identification material |
|---|---|---|---|---|---|---|
| RamSSR5 | 130~140 | 2 | 1.987 | 0.369 | — | — |
| RamSSR8 | 158~160 | 2 | 1.906 | 0.395 | — | — |
| RamSSR12 | 140~150 | 2 | 1.682 | 0.374 | A | 6 |
| RamSSR13 | 150~155 | 2 | 1.932 | 0.365 | B | 28 |
| RamSSR19 | 138~140 | 2 | 1.996 | 0.498 | C | 13 |
| RamSSR25 | 140~150 | 2 | 1.133 | 0.430 | D | 6 |
| RamSSR27 | 138~140 | 2 | 1.195 | 0.374 | — | — |
| RamSSR30 | 170~180 | 2 | 1.986 | 0.388 | E | 7 |
| RamSSR31 | 151~155 | 2 | 1.682 | 0.366 | F | 6 |
| RamSSR33 | 155~160 | 2 | 1.794 | 0.375 | G | 2 |
| 平均Mean | — | 2 | 1.730 | 0.393 | — |
2.2 指纹图谱的构建
表4 68份红毛丹种质SSR指纹图谱代码Tab. 4 The SSR fingerprinting codes of 68 rambutan accessions |
| 编号Code | DNA数字指纹图谱 DNA fingerprint | 编号Code | DNA数字指纹图谱 DNA fingerprint |
|---|---|---|---|
| BR2 | A140E180-170F155G160 | R28 | A140B155C138D150E170G160-155 |
| BR4 | A140B150E180-170F155G160 | R29 | A150-140B155C138D150E170F151G155 |
| BR5 | A140B155C140D150E170F155-151G160-155 | R30 | B155C138D150E170F151 |
| BR6 | A140B150-155C138-140D140E170F155G160 | R31 | C138D150E180F155-151 |
| BR7 | A150-140C140D150F155G160-155 | R32 | A150-140B150C138D150E170F155G160 |
| ZWY1 | B155D150E180-170G155 | R33 | A150-140C138D150E180F155-151G160 |
| ZWY2 | B150G155 | R34 | A150-140B150C138D150E170F155G160 |
| R1 | D150E180G160 | R35 | A150-140B155C138D150E170F151G160 |
| R2 | B150D140E180F155 | R36 | A150-140B150C138D150E180G160 |
| R3 | D140E170F155G155 | R37 | A150B155-150C138D150G160 |
| R4 | C138D150E180F155G160 | R38 | A140C140D150E180G160 |
| R5 | B150D150E180F155G155 | R39 | A140B155C138D150-140G160 |
| R6 | D150E170F155G155 | R40 | A140B150C140D150E180G160 |
| R7 | B155C140D150E180G155 | R41 | A140B155C140D150E180-170 |
| R8 | B150C140D150E180G160 | R42 | A140B155C140F155G160-155 |
| R9 | A140D150GE170G160 | R43 | A140B155-150D150E180-170F151G155 |
| R10 | B155D150E170F151G160 | R44 | A140B150C140F155G160 |
| 编号Code | DNA数字指纹图谱 DNA fingerprint | 编号Code | DNA数字指纹图谱 DNA fingerprint |
| R11 | A150-140B155C140D150E170G160 | R45 | A140B155-150C138D150F155G160 |
| R12 | A150-140C140D150G155 | R46 | A140C140E180-170F155G155 |
| R13 | B150E180-170F155G155 | R47 | A140B155C140F155-151G160-155 |
| R14 | B155D150E180-170G155 | R48 | A140B155-150C140F155G160 |
| R15 | A140B155C140E170G155 | R49 | A140B155-150E180F155G160 |
| R16 | A150-140B150C140D150E180 | R50 | A140B150C140-138D150E180F155G160 |
| R17 | A150B155C140D150F155-151G160 | R51 | A140B155C138D150E180F155G160 |
| R18 | A150-140D150E170F151G160 | R52 | A140B155-150D150F155-151G160 |
| R19 | A150-140B150D150E170G160 | R53 | A150-140B155C140D150E170F155G160 |
| R20 | A150B155C140D150E170F155G155 | R54 | A150-140D150E170F155G160 |
| R21 | A150-140B150C140D150E180G155 | R55 | A150-140B155D150E180F155-151G155 |
| R22 | A150-140B155C138D150F155 | R56 | A150-140B155C140D150E170F155-151G160 |
| R23 | A150-140B155C138D150F155G160 | R57 | A150-140B150C138D150E180-170F155G160 |
| R24 | A140B155D150E170F155G155 | R58 | A150-140C138D150F155-151G160 |
| R25 | A150-140C138D150F151G160 | R59 | A140B155C138D150F155-151G160 |
| R26 | D150G160 | R60 | A150-140C138E180F155G160 |
| R27 | A140C140D150G155 | R61 | F151G160 |
2.3 红毛丹种质资源的聚类分析
图2 基于遗传相似系数的68份种质的UPGMA聚类分析Fig. 2 UPGMA dendrogram of 68 rambutan accessions based on genetic similarity coefficients |
表5 68份红毛丹种质间的遗传相似系数Tab. 5 The genetic similarity coefficient of 68 rambutan accessions |
| 品系Accession | 区间Range | 平均值Mean | 品系Accession | 区间Range | 平均值Mean |
|---|---|---|---|---|---|
| ZWY1 | 0.250~0.860 | 0.507 | R28 | 0.133~0.670 | 0.503 |
| ZWY2 | 0~0.670 | 0.290 | R29 | 0.118~0.800 | 0.545 |
| BR2 | 0~0.670 | 0.397 | R30 | 0.143~0.842 | 0.495 |
| BR4 | 0.270~0.818 | 0.595 | R31 | 0.220~0.770 | 0.457 |
| BR5 | 0.211~0.880 | 0.620 | R32 | 0.200~0.762 | 0.509 |
| BR6 | 0.240~0.810 | 0.549 | R33 | 0.150~0.900 | 0.546 |
| BR7 | 0.267~0.880 | 0.572 | R34 | 0.200~1.000 | 0.527 |
| R1 | 0.143~0.750 | 0.475 | R35 | 0.118~0.909 | 0.569 |
| R2 | 0.118~0.625 | 0.345 | R36 | 0.250~0.820 | 0.558 |
| R3 | 0.170~0.670 | 0.397 | R37 | 0.250~0.800 | 0.546 |
| R4 | 0.130~0.670 | 0.400 | R38 | 0.220~0.800 | 0.520 |
| R5 | 0.250~0.770 | 0.499 | R39 | 0.130~0.800 | 0.536 |
| R6 | 0.250~0.770 | 0.469 | R40 | 0.270~0.889 | 0.559 |
| R7 | 0.150~0.750 | 0.487 | R41 | 0.170~0.800 | 0.571 |
| R8 | 0.222~0.889 | 0.527 | R42 | 0.235~0.778 | 0.459 |
| R9 | 0.375~0.818 | 0.603 | R43 | 0.270~0.740 | 0.549 |
| R10 | 0.250~0.750 | 0.493 | R44 | 0.130~0.780 | 0.475 |
| R11 | 0.240~0.910 | 0.627 | R45 | 0.330~0.857 | 0.560 |
| R12 | 0.180~0.880 | 0.506 | R46 | 0.118~0.770 | 0.463 |
| R13 | 0.130~0.670 | 0.408 | R47 | 0.310~0.950 | 0.483 |
| R14 | 0.130~0.740 | 0.453 | R48 | 0.240~0.947 | 0.518 |
| R15 | 0.167~0.778 | 0.508 | R49 | 0.240~0.900 | 0.529 |
| R16 | 0.250~0.875 | 0.491 | R50 | 0.270~0.820 | 0.561 |
| R17 | 0.220~0.820 | 0.544 | R51 | 0.170~0.860 | 0.595 |
| R18 | 0.330~0.900 | 0.602 | R52 | 0.330~0.800 | 0.580 |
| R19 | 0.270~0.750 | 0.565 | R53 | 0~0.800 | 0.507 |
| R20 | 0.200~0.820 | 0.545 | R54 | 0.308~0.572 | 0.577 |
| R21 | 0.220~0.780 | 0.504 | R55 | 0.170~0.860 | 0.566 |
| R22 | 0.182~0.800 | 0.566 | R56 | 0.140~0.910 | 0.611 |
| R23 | 0.316~0.857 | 0.664 | R57 | 0.290~0.960 | 0.581 |
| R24 | 0~0.800 | 0.482 | R58 | 0.170~0.860 | 0.545 |
| R25 | 0.240~0.900 | 0.602 | R59 | 0.150~0.860 | 0.590 |
| R26 | 0.180~0.800 | 0.401 | R60 | 0.170~0.857 | 0.513 |
| R27 | 0.180~0.750 | 0.485 | R61 | 0~0.800 | 0.381 |
