Construction of DNA Fingerprinting with SSR Markers for 68 Rambutan (Nephelium lappaceum L.) Accessions

doi:10.3969/j.issn.1000-2561.2019.04.013

Abstract

Abstract:

The SSR fingerprint map and genetic diversity of 68 rambutan (Nephelium lappaceum L.) accessions were studied using 10 pairs of selected polymorphic SSR primers. The results indicated that all the primers showed polymorphism, and 20 polymorphic alleles were revealed and the average polymorphic information content (PIC) was 0.393. The genetic similarities among accessions ranged from 0.290 to 0.664, on which a phylogenetic tree showing the relationship among the accessions was constructed. A strategy of combining primer pair with distinct alleles for fingerprint construction was developed and applied to the 68 cultivars. The DNA fingerprinting provides a technical reference for the varieties identification and molecular breeding in rambutan.

Key words: Nephelium lappaceum L., SSR, DNA fingerprint

LIN Xing’e,NIU Junhai,CHEN Ying,MING Jianhong,GAO Hongmao,GE Yu,ZHOU Zhaoxi. Construction of DNA Fingerprinting with SSR Markers for 68 Rambutan (Nephelium lappaceum L.) Accessions[J]. Chinese Journal of Tropical Crops, 2019, 40(4): 708-714.

Figures/Tables 7

References 10

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序号 No.	种质 Accessions	基础信息 Basic information	保存地 Locality	序号 No.	种质 Accessions	基础信息 Basic information	保存地 Locality
1	male	雄树、实生品系	保亭热作所	35	R27	不详	保亭热作所
2	BR2	黄果、实生品系	保亭热作所	36	R28	不详	保亭热作所
3	BR4	红果、实生品系	保亭热作所	37	R29	不详	保亭热作所
4	BR5	红果、实生品系	保亭热作所	38	R30	不详	保亭热作所
5	BR6	红果、实生品系	保亭热作所	39	R31	不详	保亭热作所
6	BR7	红果、实生品系	保亭热作所	40	R32	不详	保亭热作所
7	ZWY1	不详	儋州热带植物园	41	R33	不详	保亭热作所
8	ZWY2	不详	儋州热带植物园	42	R34	不详	保亭热作所
9	R1	不详	保亭热作所	43	R35	不详	保亭热作所
10	R2	不详	保亭热作所	44	R36	不详	保亭热作所
11	R3	不详	保亭热作所	45	R37	不详	保亭热作所
12	R4	不详	保亭热作所	46	R38	不详	保亭热作所
13	R5	不详	保亭热作所	47	R39	不详	保亭热作所
14	R6	不详	保亭热作所	48	R40	不详	保亭热作所
15	R7	不详	保亭热作所	49	R41	不详	保亭热作所
16	R8	不详	保亭热作所	50	R42	不详	保亭热作所
17	R9	不详	保亭热作所	51	R43	不详	保亭热作所
18	R10	不详	保亭热作所	52	R44	不详	保亭热作所
19	R11	不详	保亭热作所	53	R45	不详	保亭热作所
20	R12	不详	保亭热作所	54	R46	不详	保亭热作所
21	R13	不详	保亭热作所	55	R47	不详	保亭热作所
22	R14	不详	保亭热作所	56	R48	不详	保亭热作所
23	R15	不详	保亭热作所	57	R49	不详	保亭热作所
24	R16	不详	保亭热作所	58	R50	不详	保亭热作所
25	R17	不详	保亭热作所	59	R51	不详	保亭热作所
26	R18	不详	保亭热作所	60	R52	不详	保亭热作所
27	R19	不详	保亭热作所	61	R53	不详	保亭热作所
28	R20	不详	保亭热作所	62	R54	不详	保亭热作所
29	R21	不详	保亭热作所	63	R55	不详	保亭热作所
30	R22	不详	保亭热作所	64	R56	不详	保亭热作所
31	R23	不详	保亭热作所	65	R57	不详	保亭热作所
32	R24	不详	保亭热作所	66	R58	不详	保亭热作所
33	R25	不详	保亭热作所	67	R59	不详	保亭热作所
34	R26	不详	保亭热作所	68	R60	不详	保亭热作所

序号 No.	种质 Accessions	基础信息 Basic information	保存地 Locality	序号 No.	种质 Accessions	基础信息 Basic information	保存地 Locality
1	male	雄树、实生品系	保亭热作所	35	R27	不详	保亭热作所
2	BR2	黄果、实生品系	保亭热作所	36	R28	不详	保亭热作所
3	BR4	红果、实生品系	保亭热作所	37	R29	不详	保亭热作所
4	BR5	红果、实生品系	保亭热作所	38	R30	不详	保亭热作所
5	BR6	红果、实生品系	保亭热作所	39	R31	不详	保亭热作所
6	BR7	红果、实生品系	保亭热作所	40	R32	不详	保亭热作所
7	ZWY1	不详	儋州热带植物园	41	R33	不详	保亭热作所
8	ZWY2	不详	儋州热带植物园	42	R34	不详	保亭热作所
9	R1	不详	保亭热作所	43	R35	不详	保亭热作所
10	R2	不详	保亭热作所	44	R36	不详	保亭热作所
11	R3	不详	保亭热作所	45	R37	不详	保亭热作所
12	R4	不详	保亭热作所	46	R38	不详	保亭热作所
13	R5	不详	保亭热作所	47	R39	不详	保亭热作所
14	R6	不详	保亭热作所	48	R40	不详	保亭热作所
15	R7	不详	保亭热作所	49	R41	不详	保亭热作所
16	R8	不详	保亭热作所	50	R42	不详	保亭热作所
17	R9	不详	保亭热作所	51	R43	不详	保亭热作所
18	R10	不详	保亭热作所	52	R44	不详	保亭热作所
19	R11	不详	保亭热作所	53	R45	不详	保亭热作所
20	R12	不详	保亭热作所	54	R46	不详	保亭热作所
21	R13	不详	保亭热作所	55	R47	不详	保亭热作所
22	R14	不详	保亭热作所	56	R48	不详	保亭热作所
23	R15	不详	保亭热作所	57	R49	不详	保亭热作所
24	R16	不详	保亭热作所	58	R50	不详	保亭热作所
25	R17	不详	保亭热作所	59	R51	不详	保亭热作所
26	R18	不详	保亭热作所	60	R52	不详	保亭热作所
27	R19	不详	保亭热作所	61	R53	不详	保亭热作所
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29	R21	不详	保亭热作所	63	R55	不详	保亭热作所
30	R22	不详	保亭热作所	64	R56	不详	保亭热作所
31	R23	不详	保亭热作所	65	R57	不详	保亭热作所
32	R24	不详	保亭热作所	66	R58	不详	保亭热作所
33	R25	不详	保亭热作所	67	R59	不详	保亭热作所
34	R26	不详	保亭热作所	68	R60	不详	保亭热作所

引物名称 Primer name	引物序列 Primer sequences（5°-3°）	重复单元 Repeat units	重复次数 Repeat number	退火温度 Annealing temperature/℃	目标片段大小 Expected length/bp
RamSSR5	CATATACAAAAGTTGCTGCGACA/TCCTACGACGAATTAGACAAACC	TCAACG	4	59.552~60.197	133
RamSSR8	ACCAACTCTCAAACTGGAAGACA/AATTCGCAAAAGTGAAAGAGTTTT	AATAAA	4	59.735~60.195	160
RamSSR12	CAAAAGCATCATGAATCAGCATA/ATGTGCCCATGTTCAAAAATAAA	AAAAT	5	60.109~60.453	90
RamSSR13	CCATTAACAAACACAAAATAACTCG/AGAGAAACATTGAGGACAACGTC	ATTTT	5	58.987~59.674	141
RamSSR19	GGGGAAGAGAAAAGGATACAATG/TTCCATGGTTCTACTATTCCACAA	TTTTA	5	59.773~60.186	129
RamSSR25	GATTTCGAGTTTTCTTGGGATTT/AACAAGCAAAGAGAGTTGGTTTG	ATAA	5	59.847~59.848	140
RamSSR27	AGCGTCGACTGGTACTAGAAGTG/AAAAGTTTTTGAGGAAGCCAAAG	AGCA	4	60.013~60.145	118
RamSSR30	TTTTTCATGTCTCATGGTTTCAA/ATTTTGGATGAAGGTATGCTCAA	TGTT	5	59.483~59.857	138
RamSSR31	AAGTTAGTTGTCTCCCCAAGTGA/AATCATCATCATCAATGCTTTCC	CTTT	8	59.199~60.171	151
RamSSR33	CTGGCAATATTCCAACTATCCAT/CAGCTTGGTGTCATCTTTCATAC	CATA	8	58.781~59.263	155

引物名称 Primer name	引物序列 Primer sequences（5°-3°）	重复单元 Repeat units	重复次数 Repeat number	退火温度 Annealing temperature/℃	目标片段大小 Expected length/bp
RamSSR5	CATATACAAAAGTTGCTGCGACA/TCCTACGACGAATTAGACAAACC	TCAACG	4	59.552~60.197	133
RamSSR8	ACCAACTCTCAAACTGGAAGACA/AATTCGCAAAAGTGAAAGAGTTTT	AATAAA	4	59.735~60.195	160
RamSSR12	CAAAAGCATCATGAATCAGCATA/ATGTGCCCATGTTCAAAAATAAA	AAAAT	5	60.109~60.453	90
RamSSR13	CCATTAACAAACACAAAATAACTCG/AGAGAAACATTGAGGACAACGTC	ATTTT	5	58.987~59.674	141
RamSSR19	GGGGAAGAGAAAAGGATACAATG/TTCCATGGTTCTACTATTCCACAA	TTTTA	5	59.773~60.186	129
RamSSR25	GATTTCGAGTTTTCTTGGGATTT/AACAAGCAAAGAGAGTTGGTTTG	ATAA	5	59.847~59.848	140
RamSSR27	AGCGTCGACTGGTACTAGAAGTG/AAAAGTTTTTGAGGAAGCCAAAG	AGCA	4	60.013~60.145	118
RamSSR30	TTTTTCATGTCTCATGGTTTCAA/ATTTTGGATGAAGGTATGCTCAA	TGTT	5	59.483~59.857	138
RamSSR31	AAGTTAGTTGTCTCCCCAAGTGA/AATCATCATCATCAATGCTTTCC	CTTT	8	59.199~60.171	151
RamSSR33	CTGGCAATATTCCAACTATCCAT/CAGCTTGGTGTCATCTTTCATAC	CATA	8	58.781~59.263	155

引物 Primer	片段大小 Size range/bp	Na	Ne	PIC	引物编号 No. of primers	可鉴定材料数 No. of identification material
RamSSR5	130~140	2	1.987	0.369	—	—
RamSSR8	158~160	2	1.906	0.395	—	—
RamSSR12	140~150	2	1.682	0.374	A	6
RamSSR13	150~155	2	1.932	0.365	B	28
RamSSR19	138~140	2	1.996	0.498	C	13
RamSSR25	140~150	2	1.133	0.430	D	6
RamSSR27	138~140	2	1.195	0.374	—	—
RamSSR30	170~180	2	1.986	0.388	E	7
RamSSR31	151~155	2	1.682	0.366	F	6
RamSSR33	155~160	2	1.794	0.375	G	2
平均Mean	—	2	1.730	0.393		—