Chinese Journal of Tropical Crops ›› 2020, Vol. 41 ›› Issue (7): 1279-1287.DOI: 10.3969/j.issn.1000-2561.2020.07.001
• Omics & Biotechnology • Next Articles
YA Huiyuan1(),CHEN Ye1,ZHANG Yansong1,XU Qitai1,2
Received:
2019-07-22
Revised:
2019-12-18
Online:
2020-07-25
Published:
2020-08-24
CLC Number:
YA Huiyuan,CHEN Ye,ZHANG Yansong,XU Qitai. Analysis of Transcriptome Characteristics of Areca at Different Developmental Stages[J]. Chinese Journal of Tropical Crops, 2020, 41(7): 1279-1287.
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URL: http://www.rdzwxb.com/EN/10.3969/j.issn.1000-2561.2020.07.001
取样时期 Sampling period | 样品编号 Sample number |
---|---|
坐果30 d的果皮 | AcF1 |
坐果30 d的果核 | AcN1 |
坐果180 d的果皮 | AcF3 |
坐果180 d的果核 | AcN3 |
Tab. 1 Sampling period and sample number
取样时期 Sampling period | 样品编号 Sample number |
---|---|
坐果30 d的果皮 | AcF1 |
坐果30 d的果核 | AcN1 |
坐果180 d的果皮 | AcF3 |
坐果180 d的果核 | AcN3 |
样品编号 Samle ID | 读数 Read number | 碱基数 Base number/bp | GC含量 GC content/% | ≥Q30/% |
---|---|---|---|---|
AcF1-1 | 38 660 771 | 11 530 548 468 | 46.62 | 90.16 |
AcF1-2 | 32 327 062 | 9 649 963 456 | 47.02 | 89.49 |
AcF1-3 | 33 202 881 | 9 907 075 550 | 46.57 | 88.78 |
AcF3-1 | 29 194 968 | 8 716 457 676 | 46.60 | 91.99 |
AcF3-2 | 24 248 398 | 7 241 037 944 | 46.49 | 91.69 |
AcF3-3 | 30 266 067 | 9 029 919 210 | 46.32 | 92.11 |
AcN1-1 | 25 819 992 | 7 708 316 280 | 46.73 | 92.08 |
AcN1-2 | 25 918 106 | 7 734 437 492 | 46.99 | 92.20 |
AcN1-3 | 28 922 137 | 8 630 078 326 | 46.46 | 91.65 |
AcN3-1 | 27 623 906 | 8 256 858 366 | 50.56 | 91.70 |
AcN3-2 | 26 716 785 | 7 984 610 960 | 49.90 | 92.61 |
AcN3-3 | 28 086 463 | 8 392 400 250 | 50.09 | 92.04 |
Tab. 2 Sequencing data evaluation statistics
样品编号 Samle ID | 读数 Read number | 碱基数 Base number/bp | GC含量 GC content/% | ≥Q30/% |
---|---|---|---|---|
AcF1-1 | 38 660 771 | 11 530 548 468 | 46.62 | 90.16 |
AcF1-2 | 32 327 062 | 9 649 963 456 | 47.02 | 89.49 |
AcF1-3 | 33 202 881 | 9 907 075 550 | 46.57 | 88.78 |
AcF3-1 | 29 194 968 | 8 716 457 676 | 46.60 | 91.99 |
AcF3-2 | 24 248 398 | 7 241 037 944 | 46.49 | 91.69 |
AcF3-3 | 30 266 067 | 9 029 919 210 | 46.32 | 92.11 |
AcN1-1 | 25 819 992 | 7 708 316 280 | 46.73 | 92.08 |
AcN1-2 | 25 918 106 | 7 734 437 492 | 46.99 | 92.20 |
AcN1-3 | 28 922 137 | 8 630 078 326 | 46.46 | 91.65 |
AcN3-1 | 27 623 906 | 8 256 858 366 | 50.56 | 91.70 |
AcN3-2 | 26 716 785 | 7 984 610 960 | 49.90 | 92.61 |
AcN3-3 | 28 086 463 | 8 392 400 250 | 50.09 | 92.04 |
长度区间 Length range/bp | 转录本序列数量 Transcript | 单基因序列数量 Unigene |
---|---|---|
200~300 | 28 713 (11.07%) | 23 950 (25.33%) |
300~500 | 29 054 (11.20%) | 17 384 (18.38%) |
500~1 000 | 51 079 (19.69%) | 21 847 (23.10%) |
1000~2 000 | 65 967 (25.43%) | 15 619 (16.52%) |
≥2 000 | 84 588 (32.61%) | 15 762 (16.67%) |
总数 | 259 401 | 94 562 |
总长度 | 461 668 904 | 109 695 528 |
N50长度 | 2 827 | 2 267 |
平均长度 | 1 779.75 | 1 160.04 |
Tab. 3 Assembly result statistics
长度区间 Length range/bp | 转录本序列数量 Transcript | 单基因序列数量 Unigene |
---|---|---|
200~300 | 28 713 (11.07%) | 23 950 (25.33%) |
300~500 | 29 054 (11.20%) | 17 384 (18.38%) |
500~1 000 | 51 079 (19.69%) | 21 847 (23.10%) |
1000~2 000 | 65 967 (25.43%) | 15 619 (16.52%) |
≥2 000 | 84 588 (32.61%) | 15 762 (16.67%) |
总数 | 259 401 | 94 562 |
总长度 | 461 668 904 | 109 695 528 |
N50长度 | 2 827 | 2 267 |
平均长度 | 1 779.75 | 1 160.04 |
生物信息 数据库 Anno database | 注释的单基因数 Annotated number | 片段长度Length/bp | 百分比 Percentage/% | |
---|---|---|---|---|
300~1000 | ≥1000 | |||
COG | 8 664 | 1 429 | 4 980 | 24.20 |
GO | 17 155 | 3 978 | 9 223 | 47.91 |
KEGG | 10 510 | 2 582 | 5 838 | 29.35 |
KOG | 17 917 | 4 261 | 9 971 | 50.04 |
Pfam | 18 072 | 3 566 | 11 181 | 50.47 |
Swiss-Prot | 17 224 | 4 116 | 10 624 | 48.10 |
EggNOG4.5 | 30 231 | 7 628 | 15 742 | 84.43 |
NR | 34 334 | 9 857 | 17 246 | 95.89 |
合计 | 35 806 | 10 081 | 17 362 |
Tab. 4 Single-gene function annotation statistics table
生物信息 数据库 Anno database | 注释的单基因数 Annotated number | 片段长度Length/bp | 百分比 Percentage/% | |
---|---|---|---|---|
300~1000 | ≥1000 | |||
COG | 8 664 | 1 429 | 4 980 | 24.20 |
GO | 17 155 | 3 978 | 9 223 | 47.91 |
KEGG | 10 510 | 2 582 | 5 838 | 29.35 |
KOG | 17 917 | 4 261 | 9 971 | 50.04 |
Pfam | 18 072 | 3 566 | 11 181 | 50.47 |
Swiss-Prot | 17 224 | 4 116 | 10 624 | 48.10 |
EggNOG4.5 | 30 231 | 7 628 | 15 742 | 84.43 |
NR | 34 334 | 9 857 | 17 246 | 95.89 |
合计 | 35 806 | 10 081 | 17 362 |
GO分析 GO analysis | 差异表达基因数 All DEG | 上调表达基因数 Up-regulated data | 下调表达基因数 Down-regulated data | |
---|---|---|---|---|
生物学过程 | 代谢过程 | 813 | 214 | 599 |
细胞过程 | 804 | 195 | 609 | |
单一生物体过程 | 573** | 155 | 418 | |
对刺激的响应 | 285 | 72 | 213 | |
生物调节 | 277** | 72 | 205 | |
细胞成分的组织或生物合成 | 204* | 23 | 181 | |
发育过程 | 177 | 31 | 146 | |
定位 | 156 | 58 | 98 | |
多细胞有机体的过程 | 115 | 20 | 95 | |
复制 | 100 | 10 | 90 | |
生殖过程 | 100 | 10 | 90 | |
信号 | 60* | 17 | 43 | |
多生物过程 | 38** | 10 | 28 | |
发育 | 26 | 7 | 19 | |
排毒 | 19 | 7 | 12 | |
免疫系统进程 | 18* | 5 | 13 | |
生物粘附 | 4* | 1 | 3 | |
生物学阶段 | 3 | 1 | 2 | |
周期进程 | 3 | 2 | 1 | |
运动力 | 2 | 0 | 2 | |
细胞成分 | 细胞部分 | 699 | 161 | 538 |
细胞 | 693 | 159 | 534 | |
细胞器 | 546* | 115 | 431 | |
细胞质 | 369 | 104 | 265 | |
细胞器部分 | 204* | 29 | 175 | |
大分子复合物 | 174* | 18 | 156 | |
细胞膜部分 | 140 | 45 | 95 | |
细胞外区 | 59* | 14 | 45 | |
细胞连接 | 24* | 5 | 19 | |
超分子复合 | 23 | 0 | 23 | |
膜包围的光 | 18 | 0 | 18 | |
类核 | 5 | 0 | 5 | |
胞外区 | 2 | 0 | 2 | |
分子功能 | 催化活性 | 771* | 220 | 551 |
蛋白结合 | 755 | 214 | 541 | |
结构分子活性 | 74* | 2 | 72 | |
转运活性 | 72* | 28 | 44 | |
电子载体活性 | 25 | 7 | 18 | |
核苷酸结合的转录因子活性 | 20 | 8 | 12 | |
分子功能调节剂 | 19 | 4 | 15 | |
信号转导活动 | 19 | 6 | 13 | |
抗氧化活性 | 13 | 5 | 8 | |
生物活性 | 9 | 4 | 5 | |
转录因子活性 | 5 | 2 | 3 | |
营养库活性 | 3 | 0 | 3 | |
蛋白标签 | 2 | 0 | 2 |
Tab. 5 Differentially expressed gene GO function annotation of peel
GO分析 GO analysis | 差异表达基因数 All DEG | 上调表达基因数 Up-regulated data | 下调表达基因数 Down-regulated data | |
---|---|---|---|---|
生物学过程 | 代谢过程 | 813 | 214 | 599 |
细胞过程 | 804 | 195 | 609 | |
单一生物体过程 | 573** | 155 | 418 | |
对刺激的响应 | 285 | 72 | 213 | |
生物调节 | 277** | 72 | 205 | |
细胞成分的组织或生物合成 | 204* | 23 | 181 | |
发育过程 | 177 | 31 | 146 | |
定位 | 156 | 58 | 98 | |
多细胞有机体的过程 | 115 | 20 | 95 | |
复制 | 100 | 10 | 90 | |
生殖过程 | 100 | 10 | 90 | |
信号 | 60* | 17 | 43 | |
多生物过程 | 38** | 10 | 28 | |
发育 | 26 | 7 | 19 | |
排毒 | 19 | 7 | 12 | |
免疫系统进程 | 18* | 5 | 13 | |
生物粘附 | 4* | 1 | 3 | |
生物学阶段 | 3 | 1 | 2 | |
周期进程 | 3 | 2 | 1 | |
运动力 | 2 | 0 | 2 | |
细胞成分 | 细胞部分 | 699 | 161 | 538 |
细胞 | 693 | 159 | 534 | |
细胞器 | 546* | 115 | 431 | |
细胞质 | 369 | 104 | 265 | |
细胞器部分 | 204* | 29 | 175 | |
大分子复合物 | 174* | 18 | 156 | |
细胞膜部分 | 140 | 45 | 95 | |
细胞外区 | 59* | 14 | 45 | |
细胞连接 | 24* | 5 | 19 | |
超分子复合 | 23 | 0 | 23 | |
膜包围的光 | 18 | 0 | 18 | |
类核 | 5 | 0 | 5 | |
胞外区 | 2 | 0 | 2 | |
分子功能 | 催化活性 | 771* | 220 | 551 |
蛋白结合 | 755 | 214 | 541 | |
结构分子活性 | 74* | 2 | 72 | |
转运活性 | 72* | 28 | 44 | |
电子载体活性 | 25 | 7 | 18 | |
核苷酸结合的转录因子活性 | 20 | 8 | 12 | |
分子功能调节剂 | 19 | 4 | 15 | |
信号转导活动 | 19 | 6 | 13 | |
抗氧化活性 | 13 | 5 | 8 | |
生物活性 | 9 | 4 | 5 | |
转录因子活性 | 5 | 2 | 3 | |
营养库活性 | 3 | 0 | 3 | |
蛋白标签 | 2 | 0 | 2 |
Pathway名称 Pathway name | 通路ID ID | 基因数 Number of genes | 上调基因数 Number of up-regulated genes | 下调基因数 Number of down-regulated genes | 协同作用 基因数 Number of synergy genes | 酶 Enzyme | 基因名称 Gene name |
---|---|---|---|---|---|---|---|
苯丙烷生物合成途径 | ko00940 | 23 | 3 | 2 | 17 | 反式肉桂酸4-单加氧酶、咖啡酰- CoA O-甲基转移酶、4-香豆酸-辅酶A连接酶、肉桂酰辅酶A还原酶、β-葡萄糖苷酶、肉桂醇脱氢酶、过氧化物酶 | CYP73A;E2.1.1.104;4CL;CCR;bglX;E1.1.1.195;E1.11.1.7 |
类黄酮生物合成途径 | ko00941 | 2 | 0 | 2 | 0 | 反式肉桂酸4-单加氧酶、咖啡酰- CoA O-甲基转移酶 | CYP73A;E2.1.1.104 |
芪类、二芳基庚烷和姜醇生物合成途径 | ko00945 | 2 | 0 | 2 | 0 | 反式肉桂酸4-单加氧酶、咖啡酰- CoA O-甲基转移酶 | CYP73A;E2.1.1.104 |
异喹啉类生物碱生物合成途径 | ko00950 | 2 | 0 | 2 | 0 | 双功能天冬氨酸氨基转移酶和谷氨酸/天冬氨酸-预苯酸氨基转移酶 | PAT,AAT;AOC3,AOC2,tynA |
萜类、哌啶和吡啶生物碱合成途径 | ko00960 | 4 | 0 | 2 | 2 | 双功能天冬氨酸氨基转移酶和谷氨酸/天冬氨酸-预苯酸氨基转移酶、伯胺氧化酶 | AOC3,AOC2,tynA;PAT,AAT;TR1 |
Tab. 6 The enrichment related to secondary metabolicpathways in peels
Pathway名称 Pathway name | 通路ID ID | 基因数 Number of genes | 上调基因数 Number of up-regulated genes | 下调基因数 Number of down-regulated genes | 协同作用 基因数 Number of synergy genes | 酶 Enzyme | 基因名称 Gene name |
---|---|---|---|---|---|---|---|
苯丙烷生物合成途径 | ko00940 | 23 | 3 | 2 | 17 | 反式肉桂酸4-单加氧酶、咖啡酰- CoA O-甲基转移酶、4-香豆酸-辅酶A连接酶、肉桂酰辅酶A还原酶、β-葡萄糖苷酶、肉桂醇脱氢酶、过氧化物酶 | CYP73A;E2.1.1.104;4CL;CCR;bglX;E1.1.1.195;E1.11.1.7 |
类黄酮生物合成途径 | ko00941 | 2 | 0 | 2 | 0 | 反式肉桂酸4-单加氧酶、咖啡酰- CoA O-甲基转移酶 | CYP73A;E2.1.1.104 |
芪类、二芳基庚烷和姜醇生物合成途径 | ko00945 | 2 | 0 | 2 | 0 | 反式肉桂酸4-单加氧酶、咖啡酰- CoA O-甲基转移酶 | CYP73A;E2.1.1.104 |
异喹啉类生物碱生物合成途径 | ko00950 | 2 | 0 | 2 | 0 | 双功能天冬氨酸氨基转移酶和谷氨酸/天冬氨酸-预苯酸氨基转移酶 | PAT,AAT;AOC3,AOC2,tynA |
萜类、哌啶和吡啶生物碱合成途径 | ko00960 | 4 | 0 | 2 | 2 | 双功能天冬氨酸氨基转移酶和谷氨酸/天冬氨酸-预苯酸氨基转移酶、伯胺氧化酶 | AOC3,AOC2,tynA;PAT,AAT;TR1 |
GO分析 GO analysis | 差异表达 基因数 All DEG | 上调表达 基因数 Up-regulated data | 下调表达 基因数 Down-regulated data | GO分析 GO analysis | 差异表达 基因数 All DEG | 上调表达 基因数 Up-regulated data | 下调表达 基因数 Down-regulated data | ||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
生物学过程 | 代谢过程 | 1316 | 841 | 475 | 细胞成分 | 细胞膜 | 621 | 455 | 166 |
细胞过程 | 1244 | 759 | 485 | 细胞器部分 | 316 | 189 | 127 | ||
单一生物体过程 | 994* | 635 | 359 | 细胞膜部分 | 254 | 176 | 78 | ||
对刺激的响应 | 507* | 347 | 160 | 大分子复合物 | 202** | 116 | 86 | ||
生物调节 | 451* | 264 | 187 | 细胞外区 | 72 | 51 | 21 | ||
定位 | 330 | 233 | 97 | 细胞连接 | 37 | 29 | 8 | ||
细胞成分的组织或生物合成 | 274 | 143 | 131 | 超分子复合 | 26 | 5 | 21 | ||
发育过程 | 249 | 142 | 107 | 膜包围的光 | 25 | 13 | 12 | ||
多细胞有机体的过程 | 174 | 98 | 76 | 胞外区 | 1 | 0 | 1 | ||
复制 | 143* | 70 | 73 | 类核 | 1 | 0 | 1 | ||
生殖过程 | 143 | 70 | 73 | 分子功能 | 催化活性 | 1253** | 804 | 449 | |
信号 | 95 | 65 | 30 | 蛋白结合 | 1116 | 672 | 444 | ||
多生物过程 | 82 | 56 | 26 | 转运活性 | 147* | 99 | 48 | ||
免疫系统进程 | 46 | 32 | 14 | 电子载体活性 | 44 | 30 | 14 | ||
发育 | 41 | 33 | 8 | 结构分子活性 | 42 | 26 | 16 | ||
排毒 | 27 | 21 | 6 | 核苷酸结合的转录因子活性 | 41 | 27 | 14 | ||
生物粘附 | 6 | 3 | 3 | 信号转导活动 | 32 | 22 | 10 | ||
生物学阶段 | 6* | 5 | 1 | 抗氧化活性 | 17 | 13 | 4 | ||
周期进程 | 5 | 2 | 3 | 分子功能调节剂 | 17 | 11 | 6 | ||
行为 | 1 | 1 | 0 | 分子转换活性 | 13 | 8 | 5 | ||
运动力 | 1 | 1 | 0 | 转录因子活性 | 4 | 2 | 2 | ||
细胞成分 | 细胞部分 | 1181 | 761 | 420 | 营养库活性 | 3 | 2 | 1 | |
细胞 | 1168 | 751 | 417 | 金属伴侣活性 | 1 | 1 | 0 | ||
细胞器 | 882* | 541 | 341 | 蛋白标签 | 1 | 1 | 0 |
Tab. 7 Differentially expressed gene GO function annotation of kernel
GO分析 GO analysis | 差异表达 基因数 All DEG | 上调表达 基因数 Up-regulated data | 下调表达 基因数 Down-regulated data | GO分析 GO analysis | 差异表达 基因数 All DEG | 上调表达 基因数 Up-regulated data | 下调表达 基因数 Down-regulated data | ||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
生物学过程 | 代谢过程 | 1316 | 841 | 475 | 细胞成分 | 细胞膜 | 621 | 455 | 166 |
细胞过程 | 1244 | 759 | 485 | 细胞器部分 | 316 | 189 | 127 | ||
单一生物体过程 | 994* | 635 | 359 | 细胞膜部分 | 254 | 176 | 78 | ||
对刺激的响应 | 507* | 347 | 160 | 大分子复合物 | 202** | 116 | 86 | ||
生物调节 | 451* | 264 | 187 | 细胞外区 | 72 | 51 | 21 | ||
定位 | 330 | 233 | 97 | 细胞连接 | 37 | 29 | 8 | ||
细胞成分的组织或生物合成 | 274 | 143 | 131 | 超分子复合 | 26 | 5 | 21 | ||
发育过程 | 249 | 142 | 107 | 膜包围的光 | 25 | 13 | 12 | ||
多细胞有机体的过程 | 174 | 98 | 76 | 胞外区 | 1 | 0 | 1 | ||
复制 | 143* | 70 | 73 | 类核 | 1 | 0 | 1 | ||
生殖过程 | 143 | 70 | 73 | 分子功能 | 催化活性 | 1253** | 804 | 449 | |
信号 | 95 | 65 | 30 | 蛋白结合 | 1116 | 672 | 444 | ||
多生物过程 | 82 | 56 | 26 | 转运活性 | 147* | 99 | 48 | ||
免疫系统进程 | 46 | 32 | 14 | 电子载体活性 | 44 | 30 | 14 | ||
发育 | 41 | 33 | 8 | 结构分子活性 | 42 | 26 | 16 | ||
排毒 | 27 | 21 | 6 | 核苷酸结合的转录因子活性 | 41 | 27 | 14 | ||
生物粘附 | 6 | 3 | 3 | 信号转导活动 | 32 | 22 | 10 | ||
生物学阶段 | 6* | 5 | 1 | 抗氧化活性 | 17 | 13 | 4 | ||
周期进程 | 5 | 2 | 3 | 分子功能调节剂 | 17 | 11 | 6 | ||
行为 | 1 | 1 | 0 | 分子转换活性 | 13 | 8 | 5 | ||
运动力 | 1 | 1 | 0 | 转录因子活性 | 4 | 2 | 2 | ||
细胞成分 | 细胞部分 | 1181 | 761 | 420 | 营养库活性 | 3 | 2 | 1 | |
细胞 | 1168 | 751 | 417 | 金属伴侣活性 | 1 | 1 | 0 | ||
细胞器 | 882* | 541 | 341 | 蛋白标签 | 1 | 1 | 0 |
Pathway名称 Pathway name | 通路ID ID | 基因数 Number of genes | 上调基因数 Number of up-regulated genes | 下调基因数 Number of down-regulated genes | 协同作用 基因数 Number of synergy genes | 酶 Enzyme | 基因名称 Gene name |
---|---|---|---|---|---|---|---|
咖啡因生物合成途径 | ko00232 | 1 | 1 | 0 | 0 | 尿酸氧化酶 | uaZ |
苯丙烷生物合成途径 | ko00940 | 34 | 27 | 7 | 15 | 伯胺氧化酶、4-羟基苯丙酮酸双加氧酶、3-羟基丁酰基-CoA脱氢酶、苯丙氨酸氨裂解酶、反式肉桂酸4-单加氧酶、4-香豆酸-辅酶A连接酶、组氨醇-磷酸氨基转移酶、过氧化物酶、天冬氨酸氨基转移酶 | AOC3,AOC2,tynA;TAT;HPD,hppD;paaH,hbd,fadB,mmgB;PAL;CYP73A;4CL;hisC;E1.11.1.7;GOT1 |
类黄酮生物合成途径 | ko00941 | 15 | 15 | 0 | 0 | 反式肉桂酸4-单加氧酶、反式肉桂酸4-单加氧酶、查尔酮合成酶、查尔酮异构酶、类黄酮3'-单加氧酶、类黄酮3',5'-羟化酶、白细胞花青素还原酶、花青素还原酶 | CYP73A;CHS;E5.5.1.6;CHS;CYP75B1;CYP75A;ANR;GOT1 |
黄酮和黄酮醇生物合成途径 | ko00944 | 5 | 5 | 0 | 0 | 类黄酮3',5'-羟化酶、类黄酮3'-单加氧酶 | CYP75A;CYP75B1 |
芪类、二芳基庚烷和姜醇生物合成途径 | ko00945 | 3 | 3 | 0 | 0 | 反式肉桂酸4-单加氧酶 | CYP73A |
异喹啉类生物碱生物合成途径 | ko00950 | 5 | 3 | 0 | 2 | 酪氨酸氨基转移酶、酪氨酸脱羧酶 | TAT;TYDC;AOC3,AOC2,tynA;PAT,AAT |
萜类、哌啶和吡啶生物碱合成途径 | ko00960 | 5 | 2 | 1 | 2 | 酪氨酸氨基转移酶、伯胺氧化酶天冬氨酸氨基转移酶、组氨醇-磷酸氨基转移酶 | AOC3,AOC2,tynA;GOT1;hisC |
Tab. 8 The enrichment related to secondary metabolicpathways in kernel
Pathway名称 Pathway name | 通路ID ID | 基因数 Number of genes | 上调基因数 Number of up-regulated genes | 下调基因数 Number of down-regulated genes | 协同作用 基因数 Number of synergy genes | 酶 Enzyme | 基因名称 Gene name |
---|---|---|---|---|---|---|---|
咖啡因生物合成途径 | ko00232 | 1 | 1 | 0 | 0 | 尿酸氧化酶 | uaZ |
苯丙烷生物合成途径 | ko00940 | 34 | 27 | 7 | 15 | 伯胺氧化酶、4-羟基苯丙酮酸双加氧酶、3-羟基丁酰基-CoA脱氢酶、苯丙氨酸氨裂解酶、反式肉桂酸4-单加氧酶、4-香豆酸-辅酶A连接酶、组氨醇-磷酸氨基转移酶、过氧化物酶、天冬氨酸氨基转移酶 | AOC3,AOC2,tynA;TAT;HPD,hppD;paaH,hbd,fadB,mmgB;PAL;CYP73A;4CL;hisC;E1.11.1.7;GOT1 |
类黄酮生物合成途径 | ko00941 | 15 | 15 | 0 | 0 | 反式肉桂酸4-单加氧酶、反式肉桂酸4-单加氧酶、查尔酮合成酶、查尔酮异构酶、类黄酮3'-单加氧酶、类黄酮3',5'-羟化酶、白细胞花青素还原酶、花青素还原酶 | CYP73A;CHS;E5.5.1.6;CHS;CYP75B1;CYP75A;ANR;GOT1 |
黄酮和黄酮醇生物合成途径 | ko00944 | 5 | 5 | 0 | 0 | 类黄酮3',5'-羟化酶、类黄酮3'-单加氧酶 | CYP75A;CYP75B1 |
芪类、二芳基庚烷和姜醇生物合成途径 | ko00945 | 3 | 3 | 0 | 0 | 反式肉桂酸4-单加氧酶 | CYP73A |
异喹啉类生物碱生物合成途径 | ko00950 | 5 | 3 | 0 | 2 | 酪氨酸氨基转移酶、酪氨酸脱羧酶 | TAT;TYDC;AOC3,AOC2,tynA;PAT,AAT |
萜类、哌啶和吡啶生物碱合成途径 | ko00960 | 5 | 2 | 1 | 2 | 酪氨酸氨基转移酶、伯胺氧化酶天冬氨酸氨基转移酶、组氨醇-磷酸氨基转移酶 | AOC3,AOC2,tynA;GOT1;hisC |
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